З ініціативи ДП «КБ «Південне» у 2012 році укладено Генеральну угоду про науково-технічне співробітництво між Національною академією наук України і Державним підприємством «Конструкторське бюро «Південне» ім. М.К. Янгеля» у галузі створення ракетно-космічної техніки.

Для організації співробітництва з НАН України сформовано Координаційну раду, куди ввійшли члени Президії НАН України, керівництво ДП «КБ «Південне», а також керівники робочих груп з основних напрямів діяльності з обох сторін. Прийнято вже другий перспективний план спільної науково-технічної діяльності ДП «КБ «Південне» і наукових установ НАН України на наступні п’ять років.

Для реалізації цього плану щороку на основі взаємопогоджуваних пропозицій обох сторін формують і затверджують щорічні плани спільної науково-технічної діяльності ДП «КБ «Південне» і наукових установ НАН України. Установлена схема взаємодії спрямована на завчасне формування планів, їх погодження і своєчасне підписання, а також на можливість коректування їх з урахуванням нових проблемних питань, що постають.

Процес реалізації укладеної Генеральної угоди, основні результати досліджень, а також спільно прийняті нормативні документи відбито у випусках інформаційного бюлетеня Координаційної ради «Наука для космічної промисловості».

Взаємодія ДП «КБ «Південне» і наукових установ НАН України постійно поглиблюється та розширюється, співробітництво перейшло на якісно новий рівень. Інститути НАН України залучаються в кооперацію з виконання перспективних проєктів підприємства.

Систематична та цілеспрямована робота ДП «КБ «Південне» з закладами вищої освіти (ЗВО) сприяє залученню на підприємство добре підготовлених молодих фахівців та використанню засвоєних науково-технічних напрацювань для нових розробок конкурентоздатної ракетно-космічної техніки.
З ініціативи ДП «КБ «Південне» проведено зустрічі з керівництвом і провідними представниками Міністерства освіти і науки України (МОН України) та Міністерства оборони України (МО України), результатом яких стало укладення:

Для реалізації спільних робіт ДП «КБ «Південне» із закладами вищої освіти МОН України також укладено низку угод про науково-технічне співробітництво з провідними технічними ЗВО країни. Серед них – Дніпровський національний університет ім. Олеся Гончара, НТУ «Дніпровська політехніка», НАКУ ім. М.Є. Жуковського «Харківський авіаційний інститут», НТУУ «Київський політехнічний інститут ім. Ігоря Сікорського», Національний авіаційний університет, Запорізький національний технічний університет і багато інших. За погодженими напрямами досліджень укладають також комерційні договори.

У галузі освітньої діяльності ДП «КБ «Південне» має значний досвід підготовки студентів старших курсів спільно з провідними закладами вищої освіти. У рамках філій кафедр Дніпровського національного університету та кафедри Національного аерокосмічного університету «Харківський авіаційний інститут» за профільними спеціальностями підготовлено близько 2000 спеціалістів.

На цей час у рамках Концепції підготовки спеціалістів з використанням дуальної форми освіти, що прийняло Міністерство освіти та науки України, ДП «КБ «Південне» активно розбудовує свою роботу із ЗВО, бере участь у пілотних проєктах МОН України.

З рядом провідних закладів вищої освіти – Національним аерокосмічним університетом «Харківський авіаційний інститут», Дніпровським національним університетом, Національним технічним університетом «Дніпровська політехніка», Національною металургійною академією України та іншими укладено договори, що передбачають теоретичну підготовку студентів в університетах, практичну – на підприємствах у рамках спільних Навчально-науково-виробничих центрів дуальної освіти. ДП «КБ «Південне» сформувало експериментальний майданчик для відпрацювання моделей взаємовигідних відносин університетів та підприємств. Результати роботи буде використано під час розробляння законодавчих актів щодо впровадження дуальної освіти в Україні.

Про визнання високого рівня наукових досліджень і розробок  ДП «КБ «Південне» міжнародною науковою спільнотою свідчить активна участь працівників підприємства в діяльності міжнародних наукових академій. Це насамперед Міжнародна академія астронавтики (МАА), дійсними членами якої на сьогодні є одинадцять, а членами-кореспондентами – п’ять науково-технічних працівників підприємства. Фахівці ДП «КБ «Південне» беруть участь у роботі наукових форумів, що проходять під егідою МАА, як доповідачі і керівники секцій, долучаються до проведення спільних наукових досліджень, виступають у ролі експертів з оцінювання результатів досліджень.Сьогодні на підприємстві також працюють два члени-кореспонденти Міжнародної інженерної академії, два академіки Академії технологічних наук України.

Ще однією формою організації наукової діяльності ДП КБ «Південне», за якої фахівці, учені та дослідники представляють і обговорюють результати своїх робіт, плани подальших досліджень, є участь у різноманітних наукових заходах, що проводять в Україні та за кордоном, у тому числі в онлайн-режимі.